17 yaşındaki Codename 13, yaşamının sırlarını çözmek için yeniden harekete geçiyor. Suikast sanatında büyük bir ustalık kazanmış olan 13, Gölge adlı gizli suikast kolektifinin en önemli elemanıdır. Ancak, Japonya’da yaşadığı bir görevde yaptığı kritik hata, onu akıl hocası Umbra’dan uzaklaştırarak Endonezya’nın Cakarta şehrine sürgün edilmesine neden olur. Cakarta’da saklanırken, annesini bir suç çetesi tarafından kaçırılmış 11 yaşındaki Monji ile karşılaşır. Monji’nin hayatta kalma mücadelesi, 13’ün içindeki bastırılmış vicdanı harekete geçirir. Fakat Monji bir anda kaybolduğunda, 13, onu kurtarmak için harekete geçer. Bu karar, yalnızca suç örgütlerine karşı bir savaş açmak değil, aynı zamanda onu yetiştiren Gölge’ye ve akıl hocası Umbra’ya da meydan okumak demektir. Artık, her engeli aşmaya kararlıdır. Kendi karanlık geçmişiyle yüzleşirken, Monji’yi kurtarmak için her türlü fedakarlığı göze alacak ve onun hayatını kurtarmak için tehlikelerle dolu bir yola çıkacaktır. Kendi kimliğini yeniden tanımlamak ve hayatındaki en büyük savaşı kazanmak için her şeyini riske atmaya hazırdır.